アレルギー性疾患は、外部からの抗原に対し、免疫反応が起こる疾患。ただしその抗原は通常生活で曝露される量では無害であることが多く、不必要に不快な結果をもたらす免疫応答が起こっている状態といえる。（抗体が上昇するなど免疫応答があるからといって症状が出現するとは限らない。）
　アレルギーとは、免疫反応が、特定の抗原に対して過剰に起こることをいう。免疫反応は、体にとって不可欠な生理機能であり、外来の異物（抗原）を排除するために働いている。抗原としては、マイコプラズマなどの微生物や、化学物質など、単一ではなく多様性がある。
　アレルギーが起こる原因は、生活環境のほか、抗原に対する過剰な曝露、遺伝などが原因として考えられている。
　その機序は同一であると考えられているが、自己免疫疾患は、自己の持つ抗原に対して免疫反応が起こる疾患である。内因性のアレルゲンによるアレルギー反応が病態となっていると考えられている点が、アレルギーと異なる。
　アレルギーは、その発生機序により大きく I から V 型に分類（クームス分類）されている。

代表的な疾患としては、蕁麻疹、PIE症候群、食物アレルギー、花粉症、アレルギー性鼻炎、気管支喘息、アトピー性皮膚炎、アナフィラキシーショックなど。

代表的な疾患としては自己免疫性溶血性貧血（AIHA）、不適合輸血、特発性血小板減少性紫斑病（ITP）、悪性貧血、リウマチ熱、グッドパスチャー症候群、重症筋無力症、橋本病など。

代表的な疾患としては血清病、全身性エリテマトーデス（ループス腎炎）、急性糸球体腎炎、関節リウマチ、過敏性肺臓炎、リウマチ性肺炎、多発性動脈炎、アレルギー性血管炎、シェーグレン症候群など。

代表的な疾患としては接触性皮膚炎（いわゆる「ウルシかぶれ」は「アレルギー性接触皮膚炎」の一種である。）ツベルクリン反応、移植免疫、腫瘍免疫、シェーグレン症候群、感染アレルギー、薬剤性肺炎、ギラン・バレー症候群など。

代表的疾患はバセドウ病など。